Η Α΄ Πανεπιστημιακή Χειρουργική Κλινική της Ιατρικής Σχολής του Α.Π.Θ. ιδρύθηκε το έτος 1942. Η κλινική εγκαταστάθηκε για περίπου μία δεκαετία. στο Δημοτικό Νοσοκομείο Θεσ/νίκης (νυν Αγ. Δημήτριος) από όπου μεταφέρθηκε το 1953 στο Νοσοκομείο ΑΧΕΠΑ. Από το Ιανουάριο του 2004 η κλινική στεγάζεται στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο ΠΑΠΑΓΕΩΡΓΙΟΥ. Ως διευθυντές διετέλεσαν διαδοχικά οι καθηγητές, Α. Μισίρογλου, Κ. Τούντας, Δ. Λαζαρίδης, Ι. Σάπικας και Β. Δαλαϊνας. Από τις 1.1.2002 διευθύνεται η κλινική από τον καθηγητή Δημήτριο Κισκίνη.
Η διαδρομή της κλινικής εφόσον έχει ξεπεράσει μισό αιώνα λειτουργίας είναι μακροχρόνια και διαχρονικά πρωτοποριακή. Κατά την 65-ετή λειτουργία της έχουν γίνει σπουδαία επιστημονικά επιτεύγματα. Το 1968 γίνεται η πρώτη πτωματική μεταμόσχευση νεφρού σε πανελλήνιο επίπεδο από τον καθηγητή κ. Τούντα. Επί θητείας του καθηγητού κ. Δ. Λαζαρίδη αναπτύσσεται η καρδιοχειρουργική με αύξουσα συχνότητα σε καρδιοχειρουργικές επεμβάσεις με την ίδρυση ανεξαρτήτου τμήματος το 1986. Παράλληλα αναπτύσσεται η Αγγειοχειρουργική, που αναβαθμίζεται περαιτέρω υπό την Δ/νση του Αναπλ. Καθηγητού Ι. Σάπικα. Το 1990 αναγνωρίζεται η Αγγειοχειρουργική ως αυτοτελής ειδικότητα παράλληλα με την Γενική Χειρουργική. Διαχρονικά διαθέτει η κλινική πειραματικό χειρουργείο για την διενέργεια βασικής έρευνας στο χειρουργικό τομέα. Καθ΄ όλη της διάρκεια της λειτουργίας της Κλινικής έχουν εκπονηθεί αξιόλογες σε αριθμό και ποιότητα κλινικές, κλινικο-εργαστηριακές και καθαρά πειραματικές εργασίες, που υπογραμμίζουν το παγκόσμιο κύρος της κλινικής. Από το 2002 υπάρχει ραγδαία εξέλιξη της κλινικής στην ελάχιστα επεμβατική χειρουργική όσον αφορά την Γενική Χειρουργική και Αγγειοχειρουργική Το 2005 πραγματοποιείται στη Κλινική η πρώτη επιτυχής υβριδική αποκατάσταση θωρακο-κοιλιακού ανευρύσματος σε πανελλήνιο επίπεδο. Η Κλινική πρωτοπορεί και πάλι το επόμενο έτος πραγματοποιώντας την πρώτη υβριδική αποκατάσταση ανευρύσματος αορτικού τόξου. Υπό τη διεύθυνση του καθηγητού κ. Β. Παπαδόπουλου τα χειρουργικά επιτεύγματα συνεχίζουν και μέχρι σήμερα στο «νέο» Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Παπαγεωργίου, όπου υπάρχει βελτιωμένη υποδομή τόσο στο πειραματικό χειρουργείο όσο και στους άλλους χώρους της Κλινικής.